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La présence d'un monument mégalithique atteste d'une occupation du territoire dès la période néolithique.
Placée sous la protection de saint Brévin, la paroisse de Berné remonterait au Xe ou XIe siècle.
A l'époque féodale, plusieurs seigneuries occupent le territoire, parmi lesquelles Keriquel, Kerloas, Poulhibet et Tromelin. La plus importante est celle de Pont-Calleck. Cette chatellenie, qui profite au début du XIIIe siècle du démantèlement du Kémenet-Héboé, s'étend sur un vaste territoire incluant les paroisses de Berné, Inguiniel, Bubry, Quistinic, Lanvaudan, Calan et Cléguer, ainsi qu'une partie des paroisses de Plouay, Caudan, Saint-Caradec et du vieil Hennebont. Entré dans le domaine ducal en 1238, le domaine de Pont-Calleck est érigé en marquisat en 1657. Il est rendu célèbre suite à la conspiration de Cellamare, à laquelle prend part le marquis de Pontcalleck : en 1719, la noblesse bretonne, tente de s'élever contre le pouvoir royal ; les conspirateurs échouent et sont décapités à Nantes en 1720. Le château de Pont-Calleck est par la suite pillé et brûlé par les gardes nationaux de Guémené et du Faouët en 1791, avant d'être reconstruit entre 1882 et 1885.
Sous l'Ancien Régime, Berné dépend de la sénéchaussée d'Hennebont, du doyenné de Kemenet-Héboé et du diocèse de Vannes.
Berné est érigée en commune en 1790, rattachée au canton de Kernascléden et au district du Faouët (lois des 14 décembre 1789 et 8 janvier 1790). En 1795, le district est supprimé et l'administration municipale est placée entre les mains de la municipalité de canton de Kernascléden, qui n'est pas encore une commune mais relève de Saint-Caradec-Trégomel, composée des représentants des communes de Berné, Lignol et de Saint-Caradec-Trégomel (Constitution du 5 fructidor an III). En 1800, l'assemblée communale de Berné est rétablie et la commune est rattachée à l'arrondissement de Pontivy (loi du 28 pluviôse an VIII). En 1801, elle intègre le canton du Faouët (loi du 8 pluviôse an IX et arrêté du 3 brumaire an X) puis le canton de Gourin en 2014 (décret n° 2014-215 du 21 février 2014 portant délimitation des cantons dans le Morbihan).
En 1802, Berné, détachée de l'ancien diocèse de Saint-Malo et incorporée à celui de Vannes, acquiert le titre de paroisse.
L'évolution du nombre d'habitants est connue à travers les recensements de la population. En 2014, la population compte 1 755 habitants, les Bernéens, répartis sur un territoire de 34,77 Km².
Le nom de la commune en breton est Berne.