La commune se nomme tout d'abord Saint-Gildas dont l'origine vient de Gildas, moine venu d'Outre-Manche vers 536 et fondateur du monastère. Saint-Gildas devient en 1961 Saint-Gildas-de-Rhuys en référence à la presqu'île de Rhuys.
Saint-Gildas est érigée en commune en 1790, rattachée au canton de Sarzeau et au district de Vannes après la promulgation des lois des 14 décembre 1789 et 8 janvier 1790 qui placent un corps municipal à la tête de l'administration de chaque commune.
L'administration municipale est supprimée par la Constitution du 5 fructidor an III (22 août 1795). L'assemblée communale élit alors un agent municipal et un adjoint qui forment avec ceux des communes d'Arzon et Sarzeau, la municipalité de canton de Sarzeau. Celle-ci est dissoute par la loi du 28 pluviôse an VIII (17 février 1800) qui supprima les districts et créa les arrondissements, la commune de Saint-Gildas reste rattachée à l'arrondissement de Vannes. En application de la loi du 8 pluviôse an IX (28 janvier 1801) portant réduction du nombre de justices de paix dans chaque département, l'arrêté du 3 brumaire an X (25 octobre 1801) fixe officiellement la répartition et la dénomination des communes par canton : la commune de Saint-Gildas reste rattachée au canton de Sarzeau.
Au recensement de 1999, la commune compte 1436 habitants, les Gildasiens.