Ce versement s'organise autour de quatre parties principales :
- Phares et balises. Cette partie regroupe les documents relatifs à la construction des phares et fanaux du littoral morbihannais. On y trouve aussi le balisage fixe et flottant des côtes, de l'entrée des ports et des épaves et la gestion du matériel naval et du parc du service des Phares et balises.
- Rivage de la mer. Cette partie peu volumineuse traite de la gestion du domaine public maritime et des travaux sur les ouvrages de protection (digue, mur de défense...).
- Ports maritimes. Il s'agit dans cette partie de documents relatifs à la construction et à la réparation des ports et des cales ainsi qu'à leur exploitation. Ce fonds traite de l'ensemble du littoral morbihannais.
- Liaisons avec les îles. Cette partie regroupe le fonctionnement des liaisons entre les îles et le continent, mais également la construction de navires effectuant ces liaisons.